Chùa Côn Sơn tên chữ là "Thiên Tư Phúc Tự", nghĩa là chùa được trời ban cho phước lành. Chùa kiến trúc theo kiểu chữ công, gồm Tiền đường, Thiêu lương, Thượng điện là nơi thờ Phật, trong đó có những tượng Phật từ thời Lê cao tới 3 mét. Tiếp đến nhà Tổ là nơi thờ các vị tổ có công tu nghiệp đối với chùa: Điều ngư Trúc Lâm Trần Nhân Tông, Thiền sư Pháp Loa và Thiền sư Huyền Quang. Đường vào Tam quan lát gạch, chạy dài dưới hàng thông trăm năm phong trần xen lẫn những tán vải thiều xum xuê xanh thẫm. Tam quan được tôn tạo năm 1995, kiểu cổ, có 2 tầng 8 mái với các hoạ tiết hoa lá, mây tản cách điệu của nền nghệ thuật kiến trúc thời Lê. Sân chùa có 4 nhà bia.

Chùa nằm dưới chân núi Côn Sơn. Tương truyền nơi đây là nơi hun gỗ làm than và đã từng diễn ra trận hoả công hun giặc, dẹp loạn 12 sứ quân của Đinh Bộ Lĩnh ở thế kỷ X. Nên ngoài tên gọi Côn Sơn, núi còn có tên là Kỳ Lân hay núi Hun. Chùa "Thiên Tư Phúc Tự" trong dân gian quen gọi theo tên núi là chùa Côn Sơn hay còn gọi là Chùa Hun.

Thiền sư Huyền Quang vị tổ thứ ba của Thiền phái Trúc Lâm - một thiền phái mang màu sắc dân tộc Việt Nam đã về tu ở chùa Côn Sơn. Tại Côn Sơn Huyền Quang cho lập đài Cửu phẩm liên hoa, biên tập kinh sách, làm giảng chủ thuyết pháp phát triển đạo phái không ngừng. Ngày 22 tháng 1 năm Giáp Tuất (1334) Thiền sư Huyền Quang viên tịch tại Côn Sơn. Vua Trần Minh Tông đã cấp cho ruộng để thờ và cho xây tháp tổ sau chùa, đặc phong Tự Tháp "Huyền Quang tôn giả".

Chùa Côn Sơn có từ thời Đinh, năm Khai Hựu nguyên niên (1329), thời nhà Trần được Pháp Loa tôn tạo với quy mô lớn. Dấu vết của lần trùng tu này còn hiện diện đến nay. Nguyễn Trãi từng làm Đề cử chùa Côn Sơn. Chùa Côn Sơn xưa nay là danh lam cổ tích của đất nước, hiện còn nhiều dấu tích và cổ vật có giá trị.